分兩梯次辦理，第一梯次收件截止時間為113年5月15日，第二梯次收件截止時間為113年8月15日，詳細時程如下：

• 企業新創獎．國際新創獎
  每一參賽案繳交「行政處理費、審查費」以及「國家新創獎推廣服務分攤費」共計新台幣拾伍萬元整，此係為促進國內外各界對國家新創獎獲獎項目之認知、了解與支持，以增加市場行銷、投資、產學交流與國內外合作效益等所規劃之不同形式獲獎宣傳推廣與加值服務所需。未通過審查者， 將於審查結果公告三十日內、扣除行政及審查費用新台幣伍萬元後，將餘額以匯款方式退還。
• 初創企業獎
  每一參賽案繳交「行政處理費、審查費」以及「國家新創獎推廣服務分攤費」計新台幣拾萬元整，此係為促進國內外各界對國家新創獎獲獎初創企業之認知、了解與支持，以增加市場行銷、投資、產學與國際合作推廣所規劃之不同形式獲獎宣傳推廣與加值服務所需。未通過審查者，將於審查結果公告三十日內、扣除行政及審查費用新台幣伍萬元後，將餘額以匯款方式退還。
• 學研新創獎．臨床新創獎
  每一參賽案繳交「行政處理費、審查費」計新台幣伍萬元整。學研新創/臨床新創獲獎團隊所有年度推廣活動，包含媒體宣傳報導、新創技術展秀、國際合作鏈結、創新創業募資與產業合作等係由主辦單位補助資源予以支持。未獲獎團隊不另退還行政處理費及審查費。
• 新創育成獎
  每一參賽案繳交「行政處理費、審查費」計新台幣伍萬元整。新創育成獲獎機構所有年度推廣活動，包含媒體宣傳報導、新創案源推薦與國際資源拓展等係由主辦單位補助資源予以支持。年度未獲獎之機構不另退還行政處理費及審查費。

• 申請參賽期間， 申請單位須遵守一切主辦單位制訂之規範與審查流程，並保證申請與報名資料之合法性與正確性。
• 申請參賽項目如有分類資格不符合之情事，則由行政小組主動通知申請單位更換類別或放棄申請。
• 申請單位繳交之參賽文件需依照主管機關規範之相關法令據實書寫之， 且文件內容不得有標示不實、侵犯他人商標、專利、智慧財產權或仿冒等情事，否則主辦單位將取消其參賽申請或得獎資格，三年內禁止申請，且申請單位須自負一切法律責任。
• 申請單位所檢送之參賽文件，主辦單位與審查委員將盡資料保密之義務，惟參賽文件無論通過各階段審查與否，均不予退還。
• 如因申請單位之違法行為而致國家新創獎之主辦單位與評審團、執行單位等涉訟或遭受到其他不利傷害時，得請求申請單位賠償因此所受之一切損害。
• 若有未盡事宜，主辦單位保留增刪之權益。