口蹄疫病毒可引起大規模的流行，造成毀滅性的經濟損失。聯亞生技擁有鑑別診斷及標記疫苗之新技術，領導全球口蹄疫疫情控制。聯亞所開發的口蹄疫合成胜肽疫苗已證實效力相當於或高於目前市售口蹄疫疫苗。口蹄疫合成肽疫苗為全球第一例開發成功商品化的全合成胜肽疫苗，2004年12月，正式取得中國農業部所核發「新獸藥證（一類）」。於2007 年在中國上市，至今累積已銷售約25 億劑，占中國三分之一口蹄疫疫苗市場，為全球口蹄疫疫苗銷售量及市佔率最高的產品。聯亞的口蹄疫疫苗為應用獨特UBITh^®技術之標記疫苗，搭配聯亞的口蹄疫診斷試劑可區分出疫苗誘導產生或被口蹄疫病毒感染產生之抗體。由於聯亞口蹄疫合成胜肽疫苗之製程無生物安全性疑慮，安定性高，並可提供更廣之保護力，相較於市售之傳統不活化疫苗有相當高的競爭力。聯亞口蹄疫疫苗對於國家防疫計畫上有相當大的助益，並影響世界動物組織（OIE）在口蹄疫防疫政策的改變，對各國動物疫情控制及疫情控制政策有莫大的貢獻。